Misión Nueva Pompeya se ubica en el noreste de la Provincia de Chaco, en el departamento Güemes. Se encuentra a 459 kilómetros de Resistencia; a 296 kilómetros de Presidencia Roque Sáenz Peña; a 233 de Villa Río Bermejito.

 Desde Resistencia
A través de la Avenida 25 de Mayo y seguir por la Ruta Nacional Nº 11. Continuar por la Ruta Nacional Nº 16, Ruta Nacional Nº 95, y la Ruta Provincial Nº 9.

 Desde Villa Rio Bermejito
Se debe tomar la Ruta Provincial Nº 3, luego continuar por la Ruta Provincial Nº 5, y finalmente Ruta Provincial Nº 9.

 Desde Roque Saenz Peña
A través de la Ruta Nacional Nº 95. Luego tomar la Ruta Provincial Nº 9, que atraviesa la Ruta Provincial Nº 5, y continuar hasta encontrarse con la localidad.

 Desde Fuerte Esperanza
Sebe tomar la Ruta Provincial Nº 61 y luego un camino vecinal para llegar a Misión Nueva Pompeya.